Pada tahun 1999, pabrik nuklir Janjira misterius hancur dengan sebagian tangan hilang termasuk rekan pengawas Joe Brody dan istri, Sandra. Bertahun-tahun kemudian, Joe anak, Ford, seorang petugas pembuangan persenjataan Angkatan Laut Amerika Serikat, harus pergi ke Jepang untuk membantu ayahnya terasing yang obsesif mencari kebenaran insiden tersebut. Dalam melakukannya, ayah dan anak menemukan penyebabnya rahasia bencana pada sangat dasar bangkai kapal. Hal ini memungkinkan mereka untuk menyaksikan kebangkitan dari ancaman yang mengerikan untuk semua Humanity, yang membuat semua lebih buruk dengan kebangkitan Rahasia kedua di tempat lain. Terhadap bencana ini, satu-satunya harapan bagi dunia mungkin Godzilla, tetapi tantangan untuk Raja Monster akan menjadi besar bahkan ketika Humanity berjuang untuk memahami sekutu destruktif yang mereka miliki.
